I sistemi di raffreddamento dello switch S5860-20SQ sono costituiti da quattro moduli ventola e da una singola ventola in ogni alimentatore e forniscono un flusso d'aria front-to-back (l'aria fuoriesce dal retro dello switch) a seconda dei moduli ventola e degli alimentatori installati nello switch.
I moduli della ventola per lo switch S5860-20SQ sono unità inseribili e sostituibili a caldo sul campo, è possibile rimuovere e sostituire il modulo senza interrompere il normale funzionamento dello switch.